Trung tâm Phục vụ hành chính công gặp khó khăn về hạ tầng, thiết bị và nhân lực. Để duy trì hoạt động, các địa phương phải tìm kiếm nguồn lực bổ sung từ thanh niên tình nguyện và doanh nghiệp. Bộ Nội vụ đang thống nhất mô hình tổ chức và giải quyết vấn đề phụ cấp cho cán bộ, công chức cấp xã.
