Chuyển đổi số y tế tại các bệnh viện lớn gặp khó khăn do tư duy và quy trình chuyên môn, quản lý phức tạp. Hạ tầng và nền tảng công nghệ chưa đồng bộ dẫn đến kết nối dữ liệu khó khăn. Triển khai bệnh án điện tử cần đầu tư lớn về CNTT, nhưng chi phí này chưa được tính vào giá dịch vụ khám chữa bệnh.
Triển khai bệnh án điện tử ở các bệnh viện tuyến huyện gặp khó về tài chính, nhân lực và hạ tầng kỹ thuật. Cử tri đề nghị hỗ trợ nguồn lực, kỹ thuật để các bệnh viện triển khai hiệu quả. Bộ Y tế đã ban hành nhiều văn bản tạo hạ tầng pháp lý ứng dụng bệnh án điện tử, xây dựng hệ thống chăm sóc sức khỏe, phòng bệnh bằng công nghệ số.